Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur le microbiote

Il ne se passe pas un jour sans que vous entendiez parler de microbiote, mais vous vous demandez toujours de quoi il s’agit exactement et quel est son rôle ?
Vous trouverez ici toutes les informations dont vous avez besoin pour y voir plus clair et découvrir comment prendre soin de votre microbiote.

Qu'est-ce que le microbiote ?

Le terme « microbiote » désigne la grande variété de micro-organismes vivant dans un même environnement. À ne pas confondre avec le « microbiome » qui fait référence aux génomes des micro-organismes de ce même environnement. Votre microbiote comprend toutes sortes de micro-organismes : bactéries, virus, champignons, levures et protozoaires. Chaque être humain héberge et cohabite avec plus de 100 000 milliards¹ de ces micro-organismes répartis au sein de ses différents microbiotes. Ils sont situés dans la bouche, la peau, les poumons, le vagin et l’intestin. Ce dernier, le microbiote intestinal, également appelé « flore intestinale », est non seulement le plus connu mais aussi le plus riche.

Votre microbiote intestinal en chiffres :

Chacun ayant sa propre association d’espèces parmi les plus de 1 000 existantes, il peut être très différente d’une personne à l’autre. N’oubliez donc pas que la composition de votre microbiote intestinal est unique !

Le microbiote d’un individu évolue au fil du temps en fonction de son mode de vie, ce qui explique ces variations. Avant la naissance, le microbiote des bébés n’est pas encore constitué³. La phase de développement du microbiote intestinal a lieu au cours des 3 premières années de vie. Sa diversification dépend de plusieurs facteurs tels que le type d’accouchement, l’allaitement, la diversification alimentaire, etc. Après cette première phase, la composition du microbiote se stabilise et reste relativement stable tout au long de la vie. La composition du microbiote intestinal à l’âge adulte dépend donc fortement de l’alimentation et de l’environnement que l’individu a connu pendant sa petite enfance. Certains événements peuvent néanmoins modifier la composition du microbiote adulte, comme les infections, la prise de médicaments tels que les antibiotiques ou un changement de régime alimentaire⁴. Avec l’âge, le microbiote a tendance à s’appauvrir légèrement et à être moins diversifié.

Un microbiote diversifié est essentiel à la santé tout au long de la vie. L’influence du microbiote intestinal sur la santé a été largement démontrée, il est donc essentiel de maintenir son équilibre. En effet, pour que le microbiote fonctionne correctement, il faut à la fois préserver un bon équilibre entre les différentes espèces et le microbiote qui convient à l’individu. Des liens entre la perturbation de cet équilibre, appelée dysbiose, et certaines maladies ont également été démontrés. Il est donc primordial de prendre soin de son microbiote. Pour cela, le mieux est d’adopter une alimentation diversifiée et équilibrée, mais la prise de « biotiques » peut également être une excellente solution. Les biotiques (prébiotiques, probiotiques, symbiotiques, postbiotiques) sont des éléments favorables à la vie du microbiote, ils peuvent se trouver directement dans l’alimentation ou sous forme de compléments alimentaires et de médicaments.

Quel rôle le microbiote intestinal joue-t-il ?

La SYMBIOSE désigne une interaction réciproquement profitable entre deux organismes vivants en étroite relation physique. Vous l’aurez compris, nous sommes en symbiose avec notre microbiote. Nous lui servons de support et lui apportons de la nourriture. Mais que nous apporte-t-il en retour ?

Digestion^1,2

La digestion est l’une des principales fonctions du microbiote intestinal. Nous ne sommes pas en mesure de digérer par nous-mêmes les fibres insolubles présentes dans nos aliments car nous ne disposons pas des enzymes nécessaires à leur décomposition. C’est là que les bactéries de notre microbiote intestinal nous viennent en aide. Elles se nourrissent de ces fibres et les digèrent en produisant des composés que l’on appelle « acides gras à chaîne courte », des nutriments que nos cellules utilisent à leur tour comme source d’énergie et qui auraient des effets bénéfiques sur notre santé. Le microbiote participe également à la bonne absorption de certains nutriments et à la synthèse de certains métabolites essentiels à l’organisme.

Protection¹

Deuxième fonction essentielle que le microbiote remplit pour son hôte : le rôle de barrière protectrice. Qu’il s’agisse de la peau ou du microbiote intestinal, notre microbiote constitue un bouclier supplémentaire contre l’invasion de micro-organismes pathogènes.

Immunité^1,2

Le microbiote intestinal est également un acteur clé de notre immunité. À la naissance, le microbiote intestinal participe au développement du système immunitaire intestinal. Par la suite, il constitue, avec la muqueuse intestinale et le système immunitaire, le triptyque de la base de l’immunité intestinale. Le microbiote colonise la muqueuse intestinale et empêche les bactéries pathogènes de s’installer en leur disputant l’accès aux nutriments. Pour résumer, le microbiote contribue à la stimulation et au développement du système immunitaire.

Inflammation²

Notre microbiote intestinal intervient également dans l’inflammation, qui est directement liée à l’immunité. L’inflammation est la réaction de défense de notre système immunitaire face à une agression. Si l’implication du microbiote dans ce phénomène ne laisse guère de doute, son rôle exact reste incertain et fait encore l’objet d’études. Tout comme l’inflammation, de nombreuses incertitudes subsistent et il reste encore bien des choses à découvrir sur l’influence du microbiote sur notre santé. Les chercheurs s’intéressent aujourd’hui aux liens qu’il pourrait avoir avec certaines maladies comme le diabète, l’obésité ou encore la maladie d’Alzheimer et leurs résultats ne cessent d’étonner les scientifiques. Loin de se limiter à la santé digestive, le microbiote est un élément clé de la santé dans sa globalité.

Pourquoi notre microbiote peut-il être déséquilibré ?

La santé du microbiote repose sur le maintien d’un bon équilibre entre toutes les espèces qui le composent. En effet, au sein de cet écosystème, certaines bactéries sont considérées comme « bonnes » tandis que d’autres peuvent avoir des effets négatifs sur la santé. Divers facteurs peuvent provoquer un déséquilibre temporaire du microbiote, ce dernier possède une capacité de résilience lui permettant de retrouver son équilibre initial en quelques semaines. Les problèmes surviennent lorsque le déséquilibre persiste et que des bactéries pathogènes prennent le dessus sur les autres, provoquant alors ce que l’on appelle la dysbiose.

Plusieurs facteurs peuvent être à l'origine de ce déséquilibre :

Alimentation déséquilibrée, trop riche en sucres et en graisses

Infections, notamment digestives

Certains médicaments tels que les antibiotiques

Stress et anxiété

Génétique

Consommation d'alcool et de tabac

Polluants environnementaux

La dysbiose peut se manifester par :

Des problèmes digestifs, par exemple diarrhée ou maladies chroniques telles que le Syndrome de l’Intestin Irritable (SII) et les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI)⁶ ;
Des infections
Des allergies
Des troubles cutanés
Des troubles de la santé mentale (dépression, etc.)⁷

Notre microbiote influence notre santé à tous les niveaux, cela ne fait aucun doute !

Comment équilibrer votre microbiote ?

Voici quelques conseils clés pour prendre soin de l’équilibre de votre microbiote intestinal :

Mangez plus de fibres : les fibres sont la principale source alimentaire pour votre microbiote. Elles favorisent le développement de souches de bactéries ayant des effets anti-inflammatoires¹. Privilégiez par exemple les céréales complètes aux céréales raffinées.
Diversifiez votre alimentation : en diversifiant votre alimentation, vous aiderez votre microbiote à se diversifier.
Mangez plus de produits fermentés : choucroute, kéfir, kombucha, ces aliments sont riches en probiotiques.
Mangez plus de produits laitiers : ils sont également riches en probiotiques naturels et en ferments lactiques.
Passez aux biotiques : prébiotiques, probiotiques ou postbiotiques, autant de solutions pour prendre soin de votre microbiote.
Limitez la consommation d'alcool et de tabac, qui sont toxiques pour votre microbiote.
Ne négligez pas votre sommeil.
Limitez les sources de stress : un microbiote stressé est un microbiote perturbé.

1. Institut Pasteur, dossier : microbiote, vers une révolution thérapeutique, 2020
2. INSERM, Microbiote intestinal, 2016
3. Selma-Royo, Marta et al. “Shaping Microbiota During the First 1000 Days of Life.” Advances in experimental medicine and biology vol. 1125 (2019): 3-24. doi:10.1007/5584_2018_312
4. Mills, Susan et al. “Precision Nutrition and the Microbiome, Part I: Current State of the Science.” Nutrients vol. 11,4 923. 24 Apr. 2019, doi:10.3390/nu11040923
5. Oxford Languages. Symbiosis, 2020.
6. Pascal V, Pozuelo M, Borruel N, et al. A microbial signature for Crohn’s disease. Gut. 2017;66:813-22.
7. Liang S, Wu X, Hu X, Wang T, Jin F. Recognizing Depression from the Microbiota⁻Gut⁻Brain Axis. Int J Mol Sci. 2018 May 29;19(6):1592. doi: 10.3390/ijms19061592.
PMID: 29843470; PMCID: PMC6032096.